История Химок, как клуба, началась не так уж давно.
В конце 1995 года группа любителей футбола решила создать команду для участияв соревнованиях проводимых под эгидой РФС (Российский футбольный союз). Уже в 1996 году на базе двух футбольных клубов "Родина" и "Новатор", который за год до этого сделал "золотой дубль"(выиграл чемпионат и Кубок Московской области), образовывается коллектив для участия в чемпионате России среди любительских футбольных клубов, то есть в 4-ой лиге. С этого момента клуб и получил свое незатейливое название ФК "Химки".
И всё-таки днем рождения профессионального футбольного клуба "Химки" считается 30-е января 1997 года - в этот день было подписано Постановление "О создании некоммерческого муниципального учреждения ФК "Химки". На следующий, 1998 год, команда с ходу заняла 2-е место в третьей лиге, которое позволило ей выйти во вторую лигу. В 2000-м "Химки" в упорной борьбе с брянским "Динамо" заняли 1-е место в своей зоне. И для того, чтобы впервые в своей недолгой истории выйти в первый дивизион, им надо было одолеть в переходных матчах череповецкую "Северсталь". Игры завершились со счетом 1:0 и 3:2, и за счет голов забитых на выезде в первый дивизион вышла "Северсталь". Так как прогнозы на футбол не оправдались, и задача, поставленная перед командой не была выполнена клуб сменил тренера (Папаев был уволен, а на его место был назначен Алексей Петрушин). Петрушин готовил команду для игры во втором дивизионе, однако произошли судьбоносные события: "Северсталь" отказалась от участия в первом дивизионе, и туда вместо неё ПФЛ допустила ФК "Химки". Так уже через пять лет после своего появления на свет клуб добрался до второго эшелона российского футбола.
Ещё столько же понадобилось для попадания в премьер-лигу. За это время "Химки" боролись за выживание, были середняками, учавствовали в борьбе за путевки в премьер-лигу, доходили до финала Кубка России, где уступили ЦСКА.